24309

BIO2 1051

كارشناسي ارشد

زيست شناسي سلولي مولكولي - ژنتيك

علوم و فناوري‌‌‌هاي زيستي

1403/08/29

126 ص.

سيد مرتضي جوادي راد

محسن كلاهدوزان

سرطان پاپيلاري تيروئيد (PTC) , اكتونوكلئوتيد پيروفسفاتاز (ENPP1) , ژن مرجع , RT-qPCR

سرطان تيروئيد پاپيلاري فراوان‌ترين نوع سرطان تيروئيد مي‌باشد كه علت بروز آن هنوز مشخص نيست و بنابراين يافتن ژن‌هاي دخيل در بروز آن از اهميت بالايي برخوردار است. ژن اكتونوكلئوتيد پيروفسفاتاز يا ENPP1 نقش مهم و كليدي در كلسيفيكاسيون استخوان ايفا مي‌كند و ممكن است در بروز PTC نيز نقش داشته باشد. اين مطالعه با هدف مقايسه ميزان بيانmRNA ژنENPP1 در تومورهايPTC با بافت سالم مجاور تومورPTC ، انجام شد. بررسي داده‌هاي بزرگ زيستي از نوع ريزآرايه و RNAseq انجام شد. مجموعه داده‌هاي مرتبط با سرطان تيروئيد از پايگاه داده NCBI-GEO استخراج و نرمال‌سازي شد و مورد تجزيه و تحليل آماري قرار گرفت. ژن‌ها با بيان متفاوت با استفاده از بسته‌هاي آماري ليما و edgeR شناسايي شدند. نمونه‌هاي بافت PTC (16عدد)، سالم مجاور تومورPTC (16 عدد)، گواتر (5 عدد) و بافت متاستاز يافته به لنف (9 عدد) از بيمارستان سيناي اصفهان جمع‌آوري شد. اسخراج RNA، ساخت cDNA و واكنش RT-qPC با كمك رنگ سايبر سبز و در حضور پرايمرهاي اختصاصي تقاطع اگزوني، انجام شد. تجزيه و تحليل داده‌هاي آماري با كمك نرم افزار REST2009 انجام شد. ENPP1 به عنوان يك ژن با بيان متفاوت بين بافت PTC و بافت سالم مجاور تومور PTC در داده‌هاي ريزآرايه و RNAseq شناسايي شد. مطالعه ميزان بيان ژن ENPP1 در آزمايشگاه اختلاف بيان اين ژن را بين تومور بافت PTC و بافت سالم مجاور تومور PTC تأييد نكرد. اختلاف بيان ژن ENPP1 بين بافت سالم و بافت PTC متاستاز يافته به لنف مشاهده نشد. مقايسه تومور متاستاتيك و غير متاستاتيك اختلاف بيان معني‌دار ژن ENPP1 را نشان نداد. ژن ENPP1 در هيچ‌يك از شرايط فيزيولوژيك و پاتولوژيك شامل سن، جنسيت، شاخص توده بدني، مصرف يا عدم مصرف دارو، سايز، نوع و مرحله تومور اختلاف بيان معني‌داري را نشان نداد.در نتيجه پيشنهاد مي‌شود كه ENPP1 به عنوان ژن مرجع قابل اعتماد براي بررسي بيان ژن‌هاي هدف در بافت تيروئيد مورد استفاده قرارگيرد.

papillary thyroid cancer (PTC) , ectonucleotide pyrophosphatase (ENPP1) , reference gene , RT-qPCR

Comparison of ENPP1 gene expression in papillary thyroid cancer tissue and adjacent healthy tissue in Isfahan Province, Iran

زيست شناسي سلولي مولكولي و ميكروبيولوژي

PTC is the commonest type of THCA, with its etiology remaining unknown; thus, identifying the genes connected in its development is of significant importance. The ectonucleotide pyrophosphatase gene, ENPP1, is crucial for bone calcification and may also contribute to the development of PTC. This study aimed to compare the mRNA expression levels of the ENPP1 gene in PTC tumors with adjacent normal tissue. An analysis of big biological data from microarray and RNA sequencing was conducted. Thyroid cancer data sets were extracted and normalized from the NCBI-GEO database and analyzed statistically. Differentially expressed genes were identified utilizing the Limma and edgeR statistical packages. Samples of PTC tissue (16), healthy tissue adjacent to PTC tumor (16), goiter (5), and lymph metastasized tissue (9) were obtained from Isfahan Sinai Hospital. RNA extraction, cDNA synthesis, and RT-qPCR were conducted utilizing syber green dye and exon junction-specific primers. Statistical data analysis was conducted using REST2009 software. ENPP1 was recognized as a differentially expressed gene between PTC tissue and adjacent normal tissue in microarray and RNA sequencing data. The laboratory analysis of ENPP1 gene expression did not reveal a difference between the expression levels in PTC tumor tissue and the adjacent normal tissue. No difference in ENPP1 gene expression was observed between healthy tissue and PTC tissue metastasized to lymph nodes. The comparison between metastatic and non-metastatic tumors revealed no significant difference in ENPP1 gene expression. The ENPP1 gene exhibited no significant expression variations across any physiological or pathological conditions, including age, gender, body mass index, drug consumption or abstention, tumor size, type, and stage. Consequently, ENPP1 is proposed as a dependable reference gene for examining the expression of target genes in thyroid tissue.

4